Każda firma, na terenie której powstaje albo przechowywana jest żywność, powinna posiadać precyzyjnie opracowane systemy ochrony przed szkodnikami. Zwykle firmy nie wykonują takich szczegółowych analiz własnymi siłami. Można do tego wynająć zewnętrzny podmiot specjalizujący się w deratyzacji i przeciwdziałaniu zagnieżdżania się szkodników.
Szkodniki mogą pojawić się na terenie zakładu właściwie o każdej porze roku. Choć najwięcej obserwuje się ich jesienią, gdy poszukują ciepłego miejsca na przetrwanie zimy. Jeżeli co więcej wyczują, że jest w nim dostępne pożywienie, będą chciały przedostać się na jego teren. By przeciwdziałać zagnieżdżaniu się myszy i szczurów albo robactwa, czy ptaków, należy utworzyć solidne zabezpieczenia: siatki, odpowiednie drzwi, zdarza się, że pułapki ultradźwiękowe. Uprzednio potrzebny jest audyt, na podstawie którego będzie wiadomo, jakie zagrożenie może się pojawić i jakie są słabe punkty terenu, gdzie szkodniki mogą się zagnieździć: czy w pobliżu są zabudowania, czy las, czy okna mają siatki i są wyłącznie uchylane, w jaki sposób otwierane są drzwi magazynów. To wszystko będzie wpływać na to, jakie zabezpieczenia powinny zostać zastosowane. Kiedy firma przeprowadziła audyt, a potem zastosowała odpowiednie pułapki i zabezpieczenia, konieczne są cykliczne kontrole. W firmie powinien być wydzielony dział, który będzie zajmować się tym, czy pracownicy zatrudnieni w firmie przestrzegają procedur, czyli przykładowo. czy drzwi magazynowe są w każdym momencie zamknięte, gdy jest to niezbędne, czy towar w magazynie jest poukładany tak, że się nie rozsypuje, czy zachowany jest bardzo dobry porządek. Bałagan, rozsypana mąka, czy ziarna będą powodować, że na terenie magazynu szkodniki pojawią się znacznie szybciej. Jeżeli wszyscy będą przestrzegać procedur, które zostały wcześniej zawarte, to ryzyko, że szkodniki się pojawią jest minimalne. Poza tym regularny monitoring pozwoli wyeliminować potencjalne zagrożenie bardzo szybko, co umożliwi uniknąć dużych szkód. Właściwie każdy naruszony przez szkodniki towar należy bowiem wyrzucić.
Zobacz więcej: systemy ochrony przed szkodnikami.